Ha pasado por todas las categorías del fútbol regional aragonés y como juez de línea ha estado cuatro temporadas en Segunda B, las 10/11 y 11/12 como segundo asistente, y las 12/13 y 13/14 primer asistente.
Esta temporada ha "reascendido" a Preferente y ha pitado cuatro partidos, dos al grupo Segundo y dos al Tercero. Los encuentros concluyeron, uno con victoria local, dos visitantes y un empate. Lleva una media, en el global de sus actuaciones, de casi seis tarjetas amarillas por partido.
Con el Club Deportivo Caspe todavía no ha coincidido como juez principal.
Marcos Cote ha sido recientemente noticia en todos los medios aragoneses puesto que en un partido de Infantiles entre los equipos Rey Fernando y El Olivar, salió aplaudido del terreno de juego por un arbitraje calificado como "didáctico".
Este colegiado ya fue premiado a su trayectoria por la Federación Aragonesa de Fútbol en el año 2016.